معاونت آموزشی که قبل از سال 93 (ادغام مرکز آموزش و مرکز تحقیقات) تحت عنوان مرکز آموزش جهاد کشاورزی فعالیت داشت. بعد از ادغام مرکز آموزش و مرکز تحقیقات، تحت عنوان معاونت آموزشی ذیل مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی به فعالیت خود در راستای آموزش و مهارت افزایی کلیه شاغلین و فعالان بخش کشاورزی ادامه داد. این معاونت شامل 2 اداره آموزش‌های رسمی و اداره آموزش بهره برداران و کارکنان می‌باشد. اداره آموزش‌های رسمی به فعالیت در حوزه آموزش کار و دانش، سنجش و مهارت و علمی و کاربردی (از سال 1387 تا 1398) می پردازد. اداره آموزش بهره برداران و کارکنان به آموزش کلیه بهره برداران شاغل در بخش کشاورزی (تشکل‌ها، تعاونی‌ها، انجمن‌ها، آموزش تخصصی کشاورزی سربازان نظام وظیفه و .....) و آموزش کارکنان سازمان جهاد کشاورزی و ادارات کل تابعه، سازمان تعاون روستایی و شرکت خدمات حمایتی می پردازد.